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젊고 총명한 엔자인 윌리 키스(로버트 프란시스). 그는 2차 세계대전 미국 해군함 "케인호"에 배정을 받고 입대한다.
케인호에는 새로운 선장으로 필립 프란시스 퀵 선장(험프리 보가트)이 임명되고 케인호는 임무를 수행하기 위해 출항한다. 퀵선장은 예전의 선장과는 달리 케인호의 질서와 명령 체계를 새로 잡겠다는 굳은 의지를 보인다. 그러나 퀵 선장은 신속한 결단을 내려야 할 때나 위기에 처했을 때, 심한 정신 불안 증세를 보이고 심지어 별로 중요하지도 않은 일을 들추어 부하들을 추궁하는 등 정상인과는 다른 정신 이상증세를 보이기 시작한다. 이를 눈치 챈 부하들은 지휘권 문제를 놓고 의견 차이를 보인다.
그러던 어느날 폭풍우가 몰아치던 날 밤. 케인호를 지휘하던 퀵 선장은 심한 스트레스 증세를 보인다. 이를 보고 있던 스티브 매릭 중위(본 존슨)는 퀵 선장의 지휘권을 박탈하고 자신이 케인호를 지휘한다. 그날 밤의 사건을 계기로 '반란' 여부를 둘러싼 재판이 벌어진다. 키스를 비롯해서 스티브 매릭과 톤 키퍼 중위(프레드 맥머레이)는 퀵선장의 명령 불복종과 반란을 도모했다는 혐의로 군사 재판에 회부되는데...